Thanh tra Chính phủ (TTCP) kết luận rằng Ủy ban Nhân dân (UBND) tỉnh Ninh Bình đã quyết định điều chỉnh dự án xây dựng cơ sở hạ tầng khu du lịch sinh thái Tràng An tăng vốn mà không trình Hội đồng Nhân dân thảo luận, quyết định, và không trình Bộ quản lý chuyên ngành tổ chức thẩm định thiết kế cơ sở điều chỉnh.
Ngày 21 tháng 11 năm 2025, Thanh tra Chính phủ ban hành thông báo kết luận thanh tra đối với bốn dự án đầu tư công quy mô lớn trên địa bàn tỉnh Ninh Bình, bao gồm Dự án xây dựng cơ sở hạ tầng Khu du lịch sinh thái Tràng An, Dự án thành phần xây dựng cơ sở hạ tầng Khu núi chùa Bái Đính, Dự án cải tạo, nâng cấp đê hữu sông Đáy, và Dự án xây dựng Bệnh viện Sản nhi tỉnh Ninh Bình.
Thanh tra Chính phủ kết luận Dự án xây dựng cơ sở hạ tầng Khu du lịch sinh thái Tràng An tại Ninh Bình đã vi phạm nghiêm trọng trong việc lập và phê duyệt quy hoạch chồng lấn, thiếu đồng bộ; dự án nhóm A nhưng không trình Hội đồng nhân dân tỉnh thảo luận; và việc xác định tăng tổng mức đầu tư từ ngân sách Trung ương mà không có cơ sở pháp lý, dẫn tới mất cân đối vốn.
Vào tháng 9 năm 2025, Sở Du lịch tỉnh Ninh Bình đã phải điều chỉnh và giảm hơn 100 tỷ đồng dự toán các hạng mục thuộc Dự án xây dựng cơ sở hạ tầng Khu du lịch sinh thái Tràng An do mất cân đối vốn.
Dự án xây dựng cơ sở hạ tầng khu du lịch sinh thái Tràng An, do Sở Du lịch tỉnh Ninh Bình làm chủ đầu tư và triển khai từ năm 2004, đã hết thời hạn thực hiện theo quy định kể từ năm 2023.