Thanh tra Chính phủ (TTCP) khẳng định dự án thành phần xây dựng cơ sở hạ tầng khu núi chùa Bái Đính, do Sở Du lịch tỉnh Ninh Bình làm chủ đầu tư, không có khả năng hoàn thành đúng tiến độ đã gia hạn (hết năm 2025) do có nhiều vướng mắc về quy hoạch, nguồn vốn và giải phóng mặt bằng.
Ngày 21 tháng 11 năm 2025, Thanh tra Chính phủ ban hành thông báo kết luận thanh tra đối với bốn dự án đầu tư công quy mô lớn trên địa bàn tỉnh Ninh Bình, bao gồm Dự án xây dựng cơ sở hạ tầng Khu du lịch sinh thái Tràng An, Dự án thành phần xây dựng cơ sở hạ tầng Khu núi chùa Bái Đính, Dự án cải tạo, nâng cấp đê hữu sông Đáy, và Dự án xây dựng Bệnh viện Sản nhi tỉnh Ninh Bình.
Thanh tra Chính phủ kết luận Dự án thành phần xây dựng cơ sở hạ tầng Khu núi chùa Bái Đính tại Ninh Bình đã vi phạm các quy định khi thu hồi đất không phù hợp với quy hoạch được duyệt, không tổ chức thẩm định thiết kế cơ sở, và không thực hiện đánh giá tác động môi trường theo quy định.
Vào tháng 9 năm 2025, Sở Du lịch tỉnh Ninh Bình đã giảm thêm hơn 2,2 tỷ đồng dự toán của Dự án thành phần xây dựng cơ sở hạ tầng Khu núi chùa Bái Đính.